Có nơi thì coi Giáo hội Công giáo Việt Nam là tổ chức tôn giáo. Có nơi xem giáo xứ là tổ chức tôn giáo hay ít là ‘tổ chức tôn giáo trực thuộc’ thì họ coi việc đăng ký hay thay đổi địa điểm sinh hoạt tôn giáo tập trung thuộc thẩm quyền của linh mục chánh xứ.
Còn nếu họ cứng nhắc, chỉ xem giáo phận mới là tổ chức tôn giáo, thì họ đòi văn bản của Đức Giám mục, cho dù vị này ở tận Toà Giám mục chứ không ở tại địa phương.
Riêng đối với những tổ chức/nhóm tôn giáo không đăng ký hay không được đăng ký thì còn bị gây khó dễ nhiều hơn nữa.
Chẳng hạn, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, Phật giáo Hoà Hảo Thuần tuý, Cao Đài Chân truyền hay các nhóm Tin lành không chấp nhận sự can thiệp của nhà cầm quyền đều bị bách hại trong mọi sinh hoạt tôn giáo của họ.