Thonis-Heracleion là một thành phố sầm uất của Ai Cập trong giai đoạn trước thế kỷ thứ 12T.C.N đến thế kỷ thứ 8 lúc nó hoàn toàn chìm vào nước biển.
Vào thế kỷ thứ 2 trước Công nguyên, một biến động thời tiết lớn, có thể là sóng thần, động đất hoặc kết hợp cả hai, đã đẩy thành phố đến bờ vực phá hủy. Tuy nhiên, thành phố không bị bỏ hoang hoàn toàn cho đến khi bị chìm hoàn toàn xuống biển vào thế kỷ thứ 8 sau Công nguyên.
Theo thời gian, thành phố bị suy yếu do sự kết hợp của động đất, sóng thần và mực nước biển dâng cao . Vào khoảng năm 101 trước Công nguyên, có thể là sau một trận lụt nghiêm trọng, nền đất của hòn đảo trung tâm Heracleion được xây dựng đã bị hóa lỏng . Động đất cũng có thể gây ra hiện tượng hóa lỏng. Các nhà sử học cổ đại có viết về các trận động đất và sóng thần trong thời gian Thonis-Heracleion bị chìm. Đất xung quanh lưu vực phía đông nam của Địa Trung Hải dễ bị hóa lỏng. Đất sét cứng nhanh chóng chuyển thành chất lỏng và các tòa nhà sụp đổ xuống nước. Một số cư dân đã ở lại trong thời kỳ La Mã và đầu thời kỳ cai trị của người Ả Rập, nhưng đến cuối thế kỷ thứ tám sau Công nguyên, những gì còn lại của Thonis đã chìm xuống dưới biển. Thonis-Heracleion được giữ nguyên tương đối dưới đáy biển trong 1200 năm.